A história de Pacatuba se mistura com a dos primeiros habitantes destas terras: os índios pitaguaris, potiguaras e outras tribos pertencentes ao grupo linguístico macro-tupi, como os jenipapos - canindés. A eles, somaram-se os portugueses religiosos e militares que vieram habitar a região devido aos processos de aldeamento e catequização e visando a resguardá-la contra invasões de outros povos europeus.
Como proteção contra as invasões de outros europeus, em 1683, foi concedida, através de sesmarias, aos membros da família Correia (originários do Rio Grande do Norte), o sítio chamado Pacatuba. O povoamento da cidade se iniciou nessa época. Numa segunda concessão, em 1693, foram destinadas terras a outros posseiros. A freguesia, dedicada a Nossa Senhora da Conceição, foi criada em 5 de novembro de 1869. Em 1876, com a construção da Estrada de Ferro Fortaleza-Baturité, Pacatuba recebe duas estações de trem. Foi o terceiro município cearense a libertar os escravos. Em 18 de março de 1842, passou a ser distrito de Maranguape. Em 8 de outubro de 1869 (comemorada como a data de criação da cidade), tornou-se vila. O município foi criado oficialmente em 17 de agosto de 1889.
Embora Pacatuba não faça parte do Distrito Industrial de Fortaleza, com 26 indústrias, nos últimos 20 anos a agricultura passou a ser uma atividade secundária por conta da baixa atratividade fiscal e da falta de políticas públicas de apoio ao pequeno produtor, bem como a baixa infra estrutura hídrica de alguns distritos da cidade como Pavuna, Monguba, Comunidade dos Macacos. O Município sofre com o êxodo de seus operários para a Cidade vizinha Maracanaú e para a Capital.
O principal corredor comercial de Pacatuba se localiza no Conj. Carlos Jeireissati onde consta pequenos e médios comércios de mistas atividades. Pacatuba possui ainda três Auto Escolas. Duas empresas de transporte coletivo e uma cooperativa fazem rota pelo Grande Jereissati. Nos últimos anos Pacatuba viu a cidade de Maracanaú que é mais nova que ela contar com uma vasta zona comercial e um shopping center. Em 2012 Pacatuba passou a contar com uma das estações do metrô de Fortaleza, a estação Carlitos Benevides, a última estação da Linha Sul.
Pacatuba possui riquezas naturais que alimentam o setor de Ecoturismo como a Bica das Andréias, Voo Livre, Voo de Parapente, Montanhismo e Trilhas.